Gegründet wurde das Kloster Wöltingerode für Benediktiner im Jahr 1174 von den drei Söhnen des Grafen Ludolf I. Als Benediktinerkloster bestand Wöltingerode nur 14 Jahre lang. 1188 wurde es in ein Kloster für Zisterziensernonnen umgewandelt. In ihrer Zeit wurde der Grundstein für die Ausmaße des Klosters gelegt, wie es noch heute vorzufinden ist.
Das Kloster Wöltingerode war in seiner Blütezeit im 13. und 15. Jahrhundert so beliebt, dass nicht alle Bewerberinnen aufgenommen werden konnten und von hier aus weitere Klöster - in Alt-Haldensleben und Derneburg - gegründet wurden, was für Kloster der Zisterziensernonnen eine Seltenheit ist.
Die Jahrzehnte von der Reformation bis zum Dreißigjährigen Krieg brachten dem Kloster insgesamt unruhige Zeiten. Nach einer verheerenden Feuersbrunst im Jahre 1676 mussten fast alle Gebäude neu aufgebaut werden.
Nach dem französischen Konsularbeschluss von 1802 und dem deutschen Reichsdeputationshauptschluss von 1803 begann in Deutschland die Phase der Säkularisation, mit der geistliche Eigentumsrechte aufgehoben wurden. Israel Jacobsen, der Finanzrat des Königs Jerome, erwarb das Klostergut. Nach dem Wiener Kongress 1815 fiel das Bistum Hildesheim, zu dem auch Wöltingerode gehört hatte, an das Königreich Hannover.
Damals gab es ein Gesetz, wonach Juden zwar Handel treiben, aber über keinen Grundbesitz verfügen durften. Die Landesregierung fand daher Israel Jacobsen ab und führte das Gut 1816 dem Allgemeinen Hannoverschen Klosterfond zu. Der Klosterfond war 1542 gegründet worden zur Verwaltung von Klöstern angesichts der zunehmenden Unsicherheit, ob sich die katholische oder die protestantische Konfession im Land behaupten würde.
Im letzten Jahrhundert existierte im Kloster das Amt Wöltingerode als Vorläufer einer der vier Verwaltungsteile des heutigen Landkreises Goslar. Im vergangenen Jahrhundert war das Kloster die Heimat für die berühmte Landfrauenschule des Reifensteiner Verbandes, heute präsentiert sich dort unser Klosterhotel mit Gastronomie und Tagungsbetrieb.